Ngày 10 tháng 7 năm 649, Đường Thái Tông qua đời ở cung Thúy Vi. Thái tử Lý Trị và Trưởng Tôn Vô Kị phong tỏa tin tức, bí mật đưa thi hài về hoàng cung, đến 13 tháng 7 (29/5 ÂL) mới phát tang. Ngày 15 tháng 7 (1 tháng 6 ÂL) cùng năm, Lý Trị đang quang ở điện Thái Cực[10]. Vì Thế Tích ra đi không do dự, nên ông nghe theo di huấn, bổ Lý Thế Tích làm Bộc xạ, Kiểm giáo Lạc châu thứ sử, Khai phủ nghi đồng tam ti và cho về triều. Ông cũng thăng Trưởng Tôn Vô Kị làm Thái úy, Trung thư lệnh nhưng Vô Kị từ chối không nhận.

Ngày 30 tháng 7 cùng năm, Lý Trị cho an táng Đường Thái Tông ở Chiêu Lăng. Sau đó, ông tuyên bố chấm dứt cuộc chiến tranh Liêu Đông do Đường Thái Tông phát động năm 645. Tháng 12, ông tiến phong Lý Thái làm Bộc vương, ban cho một số đặc quyền đã bị Thái Tông tước bỏ trước đó.

Tháng 1 năm 650, ông đặt niên hiệu Vĩnh Huy (永徽), lập Vương thị là Hoàng hậu, cha là Vương Nhân làm Ngụy quốc công[11].